Вначале убираем эти перепады 3-5 см чем то не сильно жидким. Заодно и текущие щели она законопатит. А потом более жидким выравниваем в зеркало.
Если основную стяжку хорошо сделать по маякам, то можно и не заливать сверху. Зависит еще от того, какое финишное покрытие будет.
Можно сразу подумать о шумке на пол, тоже вещь классная.
Можно пеноплекс проложить там, где слой большой получается, чтобы меньше заливать и меньше нагрузка было, но над пеноплексом толщина стяжки должна быть не менее 4см и с армировкой.
И еще, если наливняк лить без маяков, а просто равнять валиком, то тут большую роль играет квалификация наливателя, если опыта мало, лучше по маякам сделать и не волноваться.